Sterownik Ex-MST2 jest urządzeniem którego funkcjonalność uzyskuje się zarówno w sposób sprzętowy jak i na drodze konfigurowania programowego. Konfiguracja może być przygotowywana i umieszczana w sterowniku przez użytkownika. W czasie przygotowywania konfiguracji ustala się rolę każdego z użytych modułów, szczegółowo opisuje i parametryzuje wejścia i wyjścia oraz kanały łącznościowe, określa listę zadań i ustala priorytety ich wykonywania. Narzędziami wspomagającymi tą pracę są dwie aplikacje, uruchamiane w systemie MS Windows:
edytor Ex-CfgEd – zawierający mechanizmy ułatwiające tworzenie i poprawianie konfiguracji dzięki analizatorowi błędów i systemowi podpowiedzi;
edytor Ex PLC_Dsgn służący do przygotowania w środowisku graficznym opisu algorytmów automatyk lokalnych.
Konfigurację przygotowaną „bez połączenia z urządzeniem” (off-line) zapisuje się w sterowniku przez konsolę diagnostyczną.
